ฟิลิปิน คอมเพล็กซ์ถูกใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยทางชีววิทยาเซลล์ โดยเฉพาะในการศึกษาคุณสมบัติของเยื่อหุ้มเซลล์และสเตอรอล เนื่องจากมีคุณสมบัติในการจับกับคอเลสเตอรอลและสเตอรอลอื่นๆ ในเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้สามารถใช้เป็นเครื่องมือในการตรวจสอบการกระจายตัวของคอเลสเตอรอลในเซลล์ผ่านกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของยาที่เกี่ยวข้องกับคอเลสเตอรอลและโรคที่เกี่ยวข้อง เช่น โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด อย่างไรก็ตาม เนื่องจากฟิลิปิน คอมเพล็กซ์มีผลต่อโครงสร้างของเยื่อหุ้มเซลล์ จึงมักใช้เฉพาะในการทดลองในห้องปฏิบัติการและไม่นิยมใช้ในการรักษาทางคลินิก