Ponceau S ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการตรวจจับโปรตีน มักนำไปใช้ในเทคนิคการวิ่งเจลไฟฟ้าสถิตเพื่อแสดงภาพโปรตีนที่แยกออกจากกันบนเจลโพลีอะคริลาไมด์ สีย้อมนี้จับกับโปรตีน สร้างสีแดงชมพู ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถประเมินแถบโปรตีนและรูปแบบการย้ายที่ของโปรตีนได้อย่างรวดเร็ว ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อในห้องปฏิบัติการชีววิทยามวลโมเลกุลและชีวเคมีสำหรับการวิเคราะห์ตัวอย่างโปรตีน นอกจากนี้ Ponceau S ยังใช้ใน Western blotting เป็นสีย้อมที่ย้อนกลับได้เพื่อยืนยันการถ่ายโอนโปรตีนจากเจลไปยังเมมเบรนก่อนดำเนินการตรวจจับด้วยแอนติบอดี ความง่ายในการใช้และผลลัพธ์ที่รวดเร็วทำให้เป็นตัวเลือกยอดนิยมสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนเบื้องต้น