ใช้ในการย้อมตัวอย่างเนื้อเยื่อทางชีววิทยา โดยเฉพาะในงานพยาธิวิทยา เพื่อให้เห็นโครงสร้างของเซลล์และเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์อย่างชัดเจน นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวินิจฉัยโรค เนื้อเยื่อที่ย้อมด้วยชุดย้อมนี้จะแสดงให้เห็นนิวเคลียสของเซลล์เป็นสีน้ำเงิน (จากเฮมาท็อกซิลิน) และไซโตพลาสซึมรวมถึงโครงสร้างบางอย่างเป็นสีชมพูหรือแดง (จากอีโอซิน) ช่วยให้แพทย์หรือนักวิทยาศาสตร์สามารถประเมินสภาพของเซลล์ เช่น การอักเสบ ความผิดปกติของนิวเคลียส หรือการเติบโตของเซลล์ผิดปกติ เช่น เนื้องอก ได้อย่างแม่นยำ