ใช้ในการย้อมเซลล์และเนื้อเยื่อในห้องปฏิบัติการพยาธิวิทยา โดยเฉพาะในการย้อมร่วมกับเฮมาท็อกซิลิน (H&E staining) ซึ่งเป็นวิธีมาตรฐานในการตรวจดูโครงสร้างของเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์ เอสอินจะย้อมส่วนที่เป็นไซโทพลาสซึม เซลล์เม็ดเลือดแดง และโปรตีนบางชนิดให้เป็นสีชมพูถึงแดง ทำให้เห็นรายละเอียดของเซลล์ชัดเจน นิยมใช้ในการวินิจฉัยโรค เช่น มะเร็ง หรือการอักเสบของเนื้อเยื่อ