อะนิลีนบลูที่ละลายน้ำได้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการย้อมสีทางชีววิทยา โดยเฉพาะในฮิสโตโลยีและจุลชีววิทยา ทำหน้าที่เป็นสารย้อมต้านเพื่อใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นๆ ในการแยกแยะโครงสร้างเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ ใช้บ่อยในการระบุองค์ประกอบของเชื้อราในเนื้อเยื่อเนื่องจากมีความสัมพันธ์กับผนังเซลล์เชื้อรา ในบางโปรโตคอลการย้อมสี ช่วยเน้นเส้นใยคอลลาเจน เพื่อช่วยประเมินความผิดปกติของเนื้อเยื่อเกี่ยวพันธ์ ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอสำหรับย้อมขนสัตว์และผ้าไหม ให้สีน้ำเงินสดใสและมีคุณสมบัติคงทนดี นอกจากนี้ยังใช้ในสูตรหมึกและเป็นตัวบ่งชี้ pH ในบางการวิเคราะห์