ใช้เป็นสีย้อมในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาและแพทย์ โดยเฉพาะในการย้อมเซลล์และเนื้อเยื่อเพื่อการตรวจด้วยกล้องจุลทรรศน์ เช่น ใช้ในเทคนิคการย้อมแบบเฮมาท็อกซิลินและอีโอซิน (H&E staining) ซึ่งช่วยให้เห็นโครงสร้างของนิวเคลียสและไซโตพลาสซึมอย่างชัดเจน อีโอซิน เอฟ แอลกอฮอล์ ให้สีชมพูถึงแดงแก่โปรตีนในไซโตพลาสซึมและเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้แยกแยะเซลล์ที่มีชีวิต เซลล์ที่ตายแล้ว หรือเนื้อเยื่อผิดปกติได้ง่ายขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในด้านทันตกรรมสำหรับย้อมชิ้นงานฟัน และบางครั้งใช้ในกระบวนการถ่ายภาพทางจุลทรรศน์เพื่อเพิ่มความคมชัดของภาพ