ใช้ในการย้อมเซลล์และเนื้อเยื่อในห้องปฏิบัติการพยาธิวิทยา โดยเฉพาะในการย้อมร่วมกับเฮมาท็อกซิลินในวิธี H&E staining ซึ่งเป็นเทคนิคพื้นฐานในการตรวจดูโครงสร้างของเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์ เอสอินจะย้อมส่วนที่เป็นไซโทพลาสซึมและโปรตีนต่าง ๆ ให้เป็นสีชมพูถึงแดง ทำให้เห็นรายละเอียดของเซลล์ชัดเจน เช่น เยื่อหุ้มเซลล์ ไซโทพลาสซึม และโครงสร้างโปรตีนในเนื้อเยื่อ การย้อมนี้ช่วยให้นักพยาธิวิทยาสามารถแยกแยะเซลล์ปกติและเซลล์ผิดปกติ เช่น เซลล์มะเร็ง ได้อย่างแม่นยำ จึงนิยมใช้ในงานวินิจฉัยโรคและงานวิจัยทางการแพทย์