Giemsa stain ใช้กันอย่างแพร่หลายในทางคลินิกและห้องปฏิบัติการเพื่อการตรวจเลือดและไขกระดูก โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการวินิจฉัยโรคมาลาเรีย เนื่องจากสามารถย้อมเชื้อ Plasmodium ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ยังใช้ในการตรวจหาเซลล์เม็ดเลือดผิดปกติ เช่น เซลล์มะเร็งเม็ดเลือดขาว (leukemia) และการวิเคราะห์โครโมโซมในทางพันธุศาสตร์ ทำให้สามารถระบุความผิดปกติของโครโมโซมได้ Giemsa stain ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาจุลชีววิทยา โดยใช้ย้อมแบคทีเรีย ปรสิต และเชื้อรา เพื่อช่วยในการจำแนกชนิดและศึกษาลักษณะทางสัณฐานวิทยา