ซูดานแบล็ก บี ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมทางชีวภาพในฮิสโตโลยีและไซโทโลยีเพื่อตรวจจับลิพิด ลิโปโปรตีน และโครงสร้างที่มีไขมันอื่นๆ ในเนื้อเยื่อและเซลล์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการระบุเส้นประสาทที่มีไมอีลินและโครงสร้างที่อุดมด้วยลิพิดในสเมียร์ไขกระดูก ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวินิจฉัยความผิดปกติทางโลหิตวิทยา ในจุลชีววิทยา ใช้ย้อมเม็ดลิพิดในแบคทีเรียเพื่อช่วยศึกษาการเมแทบอลิซึมของจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ซูดานแบล็ก บี ยังใช้ในงานอุตสาหกรรมสำหรับย้อมพลาสติก น้ำมัน และขี้ผึ้ง เนื่องจากมี affinity สูงต่อวัสดุที่ไม่ชอบน้ำ ความสามารถในการจับติดลิพิดอย่างเลือกสรรทำให้เป็น reagent ที่หลากหลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ