เมทิลกรีนถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารย้อมสีทางชีววิทยาในกล้องจุลทรรศน์ โดยเฉพาะสำหรับการระบุกรดนิวคลีอิก เช่น DNA ในนิวเคลียสของเซลล์ มันจับติดกับ DNA อย่างเลือกสรร ทำให้ผู้วิจัยสามารถมองเห็นและศึกษากโครงสร้างเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ ยังใช้ในฮิสโตโลยีเพื่อแยกแยะเนื้อเยื่อ และในอิเล็กโทรโฟรีซิสเพื่อติดตามชิ้นส่วน DNA ในบางกรณี เมทิลกรีนยังใช้เป็นตัวบ่งชี้ pH โดยเปลี่ยนสีตอบสนองต่อความเป็นกรดหรือด่าง คุณสมบัติการย้อมสีทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อการวิจัยทางการแพทย์และชีววิทยา