ไพโรนิน วาย ใช้หลักๆ เป็นสีย้อมทางชีววิทยาในกล้องจุลทรรศน์เพื่อเน้นส่วนประกอบของเซลล์ โดยเฉพาะอาร์เอ็นเอ (RNA) เนื่องจากมีความสัมพันธ์สูงกับกรดนิวคลีอิก นอกจากนี้ยังใช้ในฮิสโตโลจีเพื่อแยกแยะระหว่างอาร์เอ็นเอและดีเอ็นเอ (DNA) ในตัวอย่างเนื้อเยื่อ นอกจากนั้น ยังทำหน้าที่เป็นสีย้อมเรืองแสงในเทคนิคโฟลว์ไซโตเมทรีและการทดลองที่ใช้การเรืองแสงอื่นๆ เพื่อช่วยในการแสดงภาพและวิเคราะห์โครงสร้างเซลล์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยบำบัดด้วยแสงพลัง (photodynamic therapy) ซึ่งศึกษาความสามารถในการกำหนดเป้าหมายและทำลายเซลล์มะเร็ง