ไพโรนิน วาย ใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงในงานวิจัยทางชีววิทยาเพื่อเน้นย้ำ RNA ใน electrophoresis และการสังเกตด้วยกล้องจุลทรรศน์ ช่วยในการแยกแยะ RNA จาก DNA ใน gel electrophoresis เนื่องจากคุณสมบัติการจับเฉพาะเจาะจง ยังใช้ใน histology เพื่อย้อมสีเนื้อเยื่อให้มองเห็นได้ชัดเจนยิ่งขึ้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็น photosensitizer ใน photodynamic therapy สำหรับรักษาโรคบางชนิด ความสามารถในการทะลุเยื่อหุ้มเซลล์ทำให้มีประโยชน์ในการศึกษาโครงสร้างและกระบวนการของเซลล์