Methylene Green zinc chloride double salt ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการย้อมสีทางชีววิทยาและจุลทรรศนศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสีย้อมสำคัญสำหรับการแสดงภาพโครงสร้างเซลล์ โดยเฉพาะในงาน histology และ cytology สารประกอบนี้มีประสิทธิภาพในการย้อมกรดนิวคลีอิก ทำให้มีคุณค่าในการสังเกต DNA และ RNA ในเนื้อเยื่อและเซลล์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงาน redox indicator เพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาออกซิเดชัน-รีดักชันใน bioassays ทางชีวเคมี การใช้งานขยายไปถึงการวิจัย photodynamic therapy โดยทำหน้าที่เป็น photosensitizer เพื่อศึกษาความเสียหายของเซลล์ที่เกิดจากแสง ในเคมีวิเคราะห์ ถูกใช้เป็น reagent สำหรับตรวจจับโลหะปริมาณร่องรอยและศึกษากระบวนการทางไฟฟ้าเคมี