ฟลอกซีน บี ใช้หลักๆ เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งช่วยในการเน้นโครงสร้างเซลล์เพื่อการมองเห็นที่ดีขึ้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเป็นสารเติมแต่งสี โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์เช่น ลูกอมและของหวาน เพื่อให้สีแดงหรือชมพูสดใส ในสาขาแมลงวิทยา มันทำหน้าที่เป็นสีย้อมที่มีประสิทธิภาพสำหรับการทำเครื่องหมายแมลงในการศึกษาทางนิเวศวิทยา ช่วยในการติดตามการเคลื่อนไหวและพฤติกรรมของพวกมัน นอกจากนี้ ฟลอกซีน บี ยังถูกนำมาใช้ในโฟโตไดนามิกเทอราพีเนื่องจากความสามารถในการสร้างอนุมูลอิสระออกซิเจนเมื่อได้รับแสง ทำให้มีประโยชน์ในการกำหนดเป้าหมายและทำลายเซลล์บางประเภท เช่น เซลล์มะเร็งหรือแบคทีเรีย การประยุกต์ใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำรวมถึงการทำหน้าที่เป็นโฟโตเซนซิไทเซอร์เพื่อย่อยสลายมลพิษอินทรีย์ภายใต้การสัมผัสแสง