คาร์โบล ฟุคซิน ถูกใช้อย่างแพร่หลายในทางจุลชีววิทยาในฐานะสารย้อมสี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเทคนิคการย้อมสี Ziehl-Neelsen สำหรับการระบุแบคทีเรียที่ทนกรด เช่น Mycobacterium tuberculosis ซึ่งเป็นสาเหตุของวัณโรค สารนี้สามารถซึมผ่านผนังเซลล์ที่เป็นขี้ผึ้งของแบคทีเรียเหล่านี้ ทำให้พวกมันคงสีไว้แม้หลังจากการถอดสีด้วยกรด-แอลกอฮอล คุณสมบัตินี้ทำให้คาร์โบล ฟุคซินจำเป็นสำหรับการวินิจฉัยวัณโรคและการติดเชื้อไมโคแบคทีเรียอื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในฮิสโตโลจีเพื่อย้อมสีส่วนประกอบเนื้อเยื่อบางอย่าง และในโรคผิวหนังเพื่อรักษาการติดเชื้อเชื้อราเนื่องจากคุณสมบัติต้านเชื้อรา ความหลากหลายในการย้อมสีและการใช้งานต้านจุลินทรีย์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าทั้งในสถานพยาบาลและห้องปฏิบัติการ