Azure II ใช้หลักในการย้อมสีทางชีววิทยา โดยเฉพาะในฮิสโทโลยีและไซโทโลยี มักใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นๆ เพื่อเพิ่มความเปรียบต่างของส่วนประกอบเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ สีย้อมนี้มีประสิทธิภาพในการเน้นโครงสร้างเฉพาะในเนื้อเยื่อ ทำให้มีคุณค่าในการวินิจฉัยในห้องปฏิบัติการทางการแพทย์และวิจัย นอกจากนี้ Azure II ยังใช้ในการย้อมสลิปเลือดเพื่อแยกแยะประเภทเซลล์เม็ดเลือดต่างๆ ช่วยในการระบุความผิดปกติหรือโรค การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษากรดนิวคลีอิก โดยช่วยในการแสดงภาพ DNA และ RNA ในตัวอย่างเซลล์