เฮมาเทอินถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมทางชีวภาพในฮิสโทโลยีและจุลทรรศน์วิทยา เป็นส่วนประกอบหลักในเทคนิคการย้อมสี hematoxylin-eosin (H&E) ซึ่งเป็นเทคนิคทั่วไปสำหรับการแสดงภาพโครงสร้างเนื้อเยื่อ เฮมาเทอินจับกับนิวเคลียสของเซลล์ ทำให้ปรากฏเป็นสีน้ำเงินหรือม่วง ซึ่งช่วยในการระบุรายละเอียดเซลล์และวินิจฉัยโรค นอกจากนี้ยังใช้ในเซลล์วิทยาเพื่อศึกษารูปทรงเซลล์ และในพยาธิวิทยาเพื่อตรวจหาความผิดปกติในตัวอย่างเนื้อเยื่อ นอกจากนี้ เฮมาเทอินยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาสถาปัตยกรรมของเซลล์และเนื้อเยื่อ คุณสมบัติการย้อมสีทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการวินิจฉัยทางการแพทย์และการวิจัยทางชีววิทยา