Histamine diphosphate ถูกใช้ในการทดสอบทางการแพทย์เพื่อประเมินการตอบสนองของร่างกายต่อสาร histamine ซึ่งเป็นสารที่เกี่ยวข้องกับปฏิกิริยาภูมิแพ้และกระบวนการอักเสบ ในทางคลินิก มันมักถูกใช้ในการทดสอบการทำงานของระบบประสาทอัตโนมัติและการวินิจฉัยโรคบางชนิด เช่น โรคภูมิแพ้หรือภาวะขาดเอนไซม์ diamine oxidase (DAO) นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของ histamine ในร่างกายและพัฒนายาต้าน histamine ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น