6-Amino-2-methylnicotinonitrile ใช้ในการวิจัยเภสัชกรรม โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา

นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษา การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการวิจัยสารเคมีเกษตร ที่ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชอุทิศใหม่