ใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในสังเคราะห์สารประกอบที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ไตรฟลูโอมีทิลช่วยเพิ่มความคงตัวของโมเลกุลและปรับปรุงการดูดซึมในระบบชีวภาพ ทำให้มีประสิทธิภาพสูงขึ้น นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารที่มีโครงสร้างพิริมิดีน ซึ่งพบในสารออกฤทธิ์หลายชนิด เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านจุลชีพ และยาที่ใช้รักษามะเร็ง