ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้ง kinase และยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันช่วยสนับสนุนการจับกับบริเวณ active site เฉพาะของเอนไซม์ เพิ่มฤทธิ์ทางชีวภาพ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีเภสัชกรรมเพื่อปรับปรุงยาที่มีเป้าหมายต่อโรคอักเสบและมะเร็งบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบสารกำจัดศัตรูพืชใหม่ที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมดีขึ้น เนื่องจากกลุ่มไตรฟลูออร์เมทิล