ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ที่มีฟลูออรีนซึ่งแสดงฤทธิ์ต้านไวรัสหรือต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกได้ ทำให้มีคุณค่าสำคัญในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีเพื่อเพิ่มความเสถียรภาพและประสิทธิภาพของส่วนประกอบหลัก ฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเมมเบรนในสารประกอบสุดท้าย ซึ่งมีประโยชน์ต่อการออกแบบยา