ใช้ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนานิวคลีโอไซด์อะนาล็อกที่มีฟลูออรีนซึ่งมีศักยภาพต้านไวรัสหรือต้านมะเร็ง โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในสารเคมีเกษตรและวัสดุพิเศษ โดยการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงลักษณะการทำงาน เช่น ความชอบไขมันและคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์