ใช้เป็นสารตั้งต้น (intermediate) ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ซึ่งวงแหวนไพเพอร์ิดีนทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก หมู่ไนโตรช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม เช่น การรีดักชันเป็นหมู่อะมีน เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น หมู่เทอร์ต-บูทอกซีคาร์บอ닐 (Boc) เป็นกลุ่มปกป้องที่ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ทำให้มีคุณค่าต่อการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีไนโตรเจนสำหรับงานวิจัยเคมียารักษาโรค โดยทั่วไปใช้ในการสังเคราะห์ยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า, ยารักษาโรคจิตเภท, และสารเสริมความสามารถทางสมอง