ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ ซึ่งเลียนแบบนิวคลีโอไซด์ตามธรรมชาติและรบกวนการจำลองแบบของไวรัสหรือการเพิ่มจำนวนเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและอนุพันธ์พิริมิดีนที่ถูกปรับแต่งสำหรับการวิจัยในเคมีเภสัชกรรม รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาในสภาพแวดล้อมที่เป็นน้ำหรือขั้ว