ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างเป็นเพพเพอรีดีน ซึ่งมักพบในยาหลายชนิด โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตัวกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาเพื่อพัฒนายาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาแก้ปวดและยารักษาโรคทางจิต (neuroleptics) กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมีนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ช่วยให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้ดีขึ้น และลดการเกิดผลพลอยได้ที่ไม่ต้องการ นอกจากนี้ กลุ่มเมทานอลที่ไม่ถูกป้องกันช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาเฉพาะที่ได้ในขั้นตอนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน และมักใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอส (protease inhibitors) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ที่ต้องการวงแหวนเพพเพอรีดีนที่ถูกปรับแต่ง