ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มที่มีเป้าหมายเกี่ยวข้องกับเอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ โครงสร้างของอินดาโซลช่วยให้มีความสามารถในการจับกับโปรตีนเป้าหมายได้ดี ทำให้เหมาะสำหรับพัฒนาเป็นสารต้นแบบของยาในกลุ่มต้านการอักเสบ ต้านมะเร็ง หรือสารปรับภูมิคุ้มกัน นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานหรือตัวควบคุมในห้องปฏิบัติการวิเคราะห์เพื่อพัฒนาวิธีการตรวจสอบสารที่มีโครงสร้างคล้ายกัน