ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ตัวรับสารสื่อประสาทประเภทเซโรโทนิน (5-HT receptors) และโดพามีน มีการศึกษาเพื่อพัฒนาเป็นยาแก้ซึมเศร้า วิตกกังวล หรือโรคจิตบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารอ้างอิงหรือมาตรฐานในการวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการ และอาจนำไปใช้ในงานพัฒนายาใหม่ที่ต้องการโครงสร้างพิเพอร์าซีนที่มีหมู่เมธอกซีไพริดีนต่ออยู่