ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาตัวย่อยที่ขึ้นอยู่กับพีรีมีดีน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โดยที่ฮีเทอโรไซเคิลที่มีฮาโลเจนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม