ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่มีโครงสร้างเป็นเพเพอริโดน ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในยาหลายชนิด เช่น ยาแก้ปวด ยากดประสาท และยาที่ใช้รักษาโรคทางระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังนิยมใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างสารตัวกลางในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์ เนื่องจากหมู่ Fmoc ช่วยป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ตำแหน่งไนโตรเจน ทำให้สามารถควบคุมการสังเคราะห์ได้อย่างมีเลือกสรรมากขึ้น