6-ฟลูออโรควิโนลีน เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบควิโนลีนที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา ซึ่งใช้เป็นโครงสร้างพื้นฐานของสารต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และยาต้านมะเร็ง สารนี้ช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเยื่อหุ้มเซลล์ และเสริมฤทธิ์ในการยับยั้งเป้าหมายทางชีวภาพในเซลล์ ทำให้มีการนำไปใช้พัฒนายาในกลุ่มควิโนโลน เช่น ยาปฏิชีวนะรุ่นใหม่ที่ออกฤทธิ์ต่อแบคทีเรียแกรมลบและแกรมบวก นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีเชิงสร้างสรรค์เพื่อสร้างสารฟลูออรีนที่มีความเฉพาะตัวสูงสำหรับการพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง