ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาคลายกังวล หรือยาต้านจิตประดิษฐ์ โครงสร้างที่มีพิเพอราซีนและพิริมิดีนทำให้มีศักยภาพในการจับกับตัวรับในสมอง เช่น ตัวรับเซโรโทนินหรือโดพามีน จึงเป็นโมเลกุลสำคัญในขั้นตอนการพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานทางเคมีหรือตัวอย่างในการวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการวิจัย