ใช้เป็นหลักในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านปรสิตและยาต้านเชื้อรา โครงสร้างของสารนี้สนับสนุนการออกแบบโมเลกุลที่มุ่งเป้าไปยังการยับยั้งเอนไซม์ในพยาธิ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการประยุกต์ใช้ในด้านเกษตรเคมีเนื่องจากความสามารถในการเพิ่มประสิทธิภาพของสารป้องกันพืช พบว่าสารอนุพันธ์ของเบนซิมิดาโซลมีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย จึงถูกนำมาปรับแต่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ และใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบใหม่ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมทางชีวภาพ (SAR)