ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาเนื่องจากวงแหวนคลอโรพิริมิดีนที่มีปฏิกิริยาสูง ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคู่กับอะมีนหรือนิวคลีโอไฟล์อื่นๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ใช้อย่างแพร่หลายในการเตรียมสารต้านมะเร็งและต้านไวรัส โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางการส่งสัญญาณในการวิจัยมะเร็ง หน้าที่ของเอสเตอร์ช่วยให้สามารถดัดแปลงเพิ่มเติม เช่น การไฮโดรไลซิสเป็นกรดคาร์บอกซิลิกที่สอดคล้องกันหรือการรีดิวซ์เป็นแอลกอฮอล์ ซึ่งขยายประโยชน์ในการออกแบบยา นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความจำเพาะและประสิทธิภาพสูงขึ้น