ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา เนื่องจากมีหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ซึ่งทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ช่วยป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการในระหว่างการสังเคราะห์ โครงสร้างโมเลกุลที่มีวงมอร์โฟลีนทำให้สารนี้เหมาะสำหรับการสร้างสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารตั้งต้นของยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง หรือสารยับยั้งเอนไซม์ต่าง ๆ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้าง heterocyclic compounds ที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา