ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้ง kinase และยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันสนับสนุนการดัดแปลงอนุพันธ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีทางการแพทย์สำหรับเป็นชิ้นส่วนพื้นฐาน (building blocks) ในสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางและภาวะอักเสบ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมดีขึ้น เนื่องจากมีกลุ่ม trifluoromethyl โดยโครงสร้าง pyrimidine ที่ดัดแปลงแล้วช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการจับเป้าหมายทางชีวภาพ