ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาต้านมะเร็ง ยาต้านอักเสบ และยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีความสำคัญต่อการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพในร่างกาย สารนี้จึงนิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารต้นแบบ (lead compound) สำหรับคัดกรองฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างอนุพันธ์ต่าง ๆ ที่มีคุณสมบัติเฉพาะตัว