ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลางและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเลือกในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในยาที่เป็นผู้สมัคร นิยมใช้ในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากโครงสร้างที่แข็งและกำหนดสเตอรีโออย่างชัดเจน ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอสและตัวปรับตัวรับ ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์