ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาโปรตีน เนื่องจากสามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่มไซส์ทีน (cysteine) ในโปรตีนได้อย่างเฉพาะเจาะจง ทำให้เหมาะสำหรับการติดป้ายโปรตีน (protein labeling) หรือการจับโปรตีนเป้าหมายในเซลล์ (target engagement studies) นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนายาที่ทำงานโดยการยับยั้งเอนไซม์เฉพาะตัว โดยอาศัยคุณสมบัติของหมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ที่ทำปฏิกิริยากับกรดอะมิโนที่มีหมู่ฟังก์ชันนิวคลีโอไฟล์ เช่น ไซส์ทีน ไทโรซีน หรือไลซีน ซึ่งช่วยให้สามารถออกแบบโมเลกุลที่จับกับโปรตีนได้อย่างถาวรและแม่นยำ