ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งไคเนสสำหรับการรักษามะเร็ง เข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามเพื่อสร้างระบบเฮเตอโรไซคลิกซับซ้อนที่พบในโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ยังใช้ในสารเคมีเกษตรสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากแกนคลอโรไพรีมีดีนที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย โครงสร้างของมันช่วยให้การปรับแต่งทางเคมีได้สะดวก ทำให้มีคุณค่าในเคมีการแพทย์สำหรับการปรับปรุงสารนำร่องและการสังเคราะห์ไลบรารีในการค้นพบยา