คินโนลีนไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกต่าง ๆ ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเกิดขึ้น นักวิจัยใช้ในการศึกษาและสังเคราะห์โมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่อาจเกิดขึ้น เช่น สารต้านจุลินทรีย์ ต้านการอักเสบ หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่ช่วยเพิ่มความคงตัวและความเข้มข้นของสี บทบาทในการวิจัยเคมียังครอบคลุมการศึกษากลไกปฏิกิริยาและการพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่