เมทิล 6-อะมิโน-1H-อินดาโซล-7-คาร์บ็อกซิเลต มีการประยุกต์ใช้หลักในสาขาการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในเคมียา นักวิจัยใช้สารประกอบนี้เพื่อพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง การอักเสบ และความผิดปกติทางระบบประสาท โครงสร้างแกนอินดาโซลของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อยับยั้งคินาส ทำให้มีคุณค่าในการสร้างการบำบัดแบบเล็งเป้า นอกจากนี้ กลุ่มฟังก์ชันของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมได้ ซึ่งช่วยให้สามารถสำรวจคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาที่หลากหลาย สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกเฉพาะของตัวแทนบำบัดใหม่