5-Bromo-6-fluoro-1H-benzo[d]imidazole ใช้หลักในสาขาเคมียารักษาและการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปที่การยับยั้งเอนไซม์หรือการปรับโมดูเลชันของตัวรับ โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบสำหรับการใช้งานต้านมะเร็ง ต้านไวรัส หรือต้านจุลินทรีย์ เนื่องจากความสามารถในการเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความจำเพาะ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและสารตัวแทนสำหรับการถ่ายภาพ ซึ่งช่วยในการศึกษากระบวนการในเซลล์และกลไกของโรค แกนเบนโซอิมิดาโซลที่ถูกฮาโลเจนทำให้เป็นโครงสร้างที่มีค่าสำหรับการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่