3-Chloro-1,8-naphthyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์สารเคมีและยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาใหม่ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจง ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อแบคทีเรียและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังมีการใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเพื่อผลิตสารเคมีที่มีความซับซ้อนสูง และใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาทางเคมีเพื่อพัฒนาเทคนิคการสังเคราะห์ใหม่ๆ นอกจากนั้น ยังนำไปใช้ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างสีย้อมหรือเม็ดสีเฉพาะทางที่มีคุณสมบัติพิเศษ