3-Piperazinobenzisothiazole Hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาเคมีเภสัชกรรมและเภสัชวิทยา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปรวมในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง เช่น ตัวรับเซโรโทนินหรือโดพามีน ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาต้านจิตเภทและยาต้านซึมเศร้า นอกจากนี้ แกนเบนซิไอโซไทอะซอลของมันยังถูกสำรวจสำหรับการประยุกต์ใช้ในการรักษาโรค เช่น โรคจิตเภท วิตกกังวล และโรคอารมณ์ นักวิจัยยังศึกษาอนุพันธ์ของมันสำหรับคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านการอักเสบ ซึ่งขยายประโยชน์ในการค้นคว้ายาและพัฒนาการบำบัด