2-Chloro-6-methylquinazoline ถูกใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบขึ้นอยู่กับ quinazoline ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง ต้านไวรัส และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเพื่อสำรวจตัวแทนบำบัดใหม่และศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมในเคมียารักษา ลูกหลานของสารนี้ยังถูกตรวจสอบสำหรับศักยภาพในฐานะตัวยับยั้ง kinase ซึ่งมีความสำคัญในบำบัดมะเร็งแบบกำหนดเป้าหมาย