สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารประกอบอินทรีย์ต่างๆ เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของโมเลกุลที่ได้ เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรร นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเฉพาะทางและวัสดุ รวมถึงผลึกเหลวและโพลิเมอร์ ซึ่งคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์สามารถมอบลักษณะที่พึงประสงค์ เช่น ความเสถียรทางความร้อนและความต้านทานต่อสารเคมี ในงานวิจัย มักใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการค้นพบและพัฒนายา