Cu(II) protoporphyrin IX ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารโมเดลเพื่อศึกษาคุณสมบัติและพฤติกรรมของโปรตีนที่มีฮีม เช่น ฮีโมโกลบินและเอนไซม์ไซโตโครม P450 โครงสร้างของมันเลียนแบบฮีมตามธรรมชาติอย่างใกล้ชิด ทำให้มีคุณค่าต่อการตรวจสอบกระบวนการถ่ายโอนอิเล็กตรอน การจับออกซิเจน และปฏิกิริยาเอนไซม์ ในงานวิจัยทางการแพทย์ มันถูกนำมาใช้เพื่อสำรวจกลไกของโรคที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของฮีม เช่น โพร์ฟีเรีย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นโฟโตเซนซิไทเซอร์ในทรีตเมนต์โฟโตไดนามิก ซึ่งสร้างอนุมูลอิสระของออกซิเจนเพื่อกำหนดเป้าหมายและทำลายเซลล์มะเร็งหรือเชื้อโรค ความเสถียรและการทำงานของมันยังทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและตัวเร่งปฏิกิริยาชีวเลียนแบบสำหรับการใช้งานในอุตสาหกรรม