RU-SKI 43 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาและปรับเปลี่ยนกิจกรรมของเส้นทางส่งสัญญาณ Hedgehog ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการแยกตัวของเซลล์ การเพิ่มจำนวนเซลล์ และการจัดรูปแบบเนื้อเยื่อ มันทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งของตัวรับ Smoothened ซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของเส้นทางนี้ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการตรวจสอบกลไกโมเลกุลที่อยู่เบื้องหลังกระบวนการทางชีวภาพและโรคต่างๆ ในการวิจัยมะเร็ง RU-SKI 43 มีความสำคัญโดยเฉพาะสำหรับศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเนื้องอก โดยเฉพาะในมะเร็งที่เส้นทาง Hedgehog ผิดปกติ เช่น มะเร็งเซลล์ฐานและมะเร็งเมดุลโลบลาสโตมา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาชีววิทยาการพัฒนาเพื่อเข้าใจบทบาทของสัญญาณ Hedgehog ในการพัฒนาตัวอ่อนและการเกิดอวัยวะ การประยุกต์ใช้นั้นขยายไปถึงการค้นพบยา ที่ซึ่งมันทำหน้าที่เป็นสารอ้างอิงสำหรับการพัฒนายาใหม่ที่ขัดต่อโรคที่ขับเคลื่อนโดย Hedgehog