ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับคู่ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาใหม่ๆ ใช้บ่อยในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงเพื่อนำหมู่ difluoropyridine เข้าสู่โมเลกุลที่ใหญ่กว่า โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้ง kinase และการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษที่ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพ เช่น ในวัสดุที่มีความต้านทานความร้อนหรือความต้านทานทางเคมีที่เพิ่มขึ้น